Štúdium MBA na Inštitúte manažérskej ekonómie prebieha v jednoliatom cykle, ktorý je rozdelený na čiastkové semináre. Po ich absolvovaní študent obhajuje záverečnú prácu pred komisiou. Pri úspešnom obhájeniu tejto práce je mu udelený titul Master of Business Administration.
Jednotlivé čiastkové semináre sú organizované kombinovanou formou štúdia. Štúdium prebieha v intenzívnej víkendovej forme (piatok popoludní, sobota celý deň) v prednáškových priestoroch IME. Štúdium je interaktívne s dôrazom na diskusie, riešenie prípadových štúdií a aplikáciou najnovších teoretických poznatkov uvádzaných na príkladoch z praxe. Všetky výučbové materiály (ku každému semináru) budú sprístupnené formou e-learningu.
Každý zo seminárov je ukončený obhajobou seminárnej práce a absolvovaním odborného testu. Študent obdrží certifikát o absolvovaní jednotlivého seminára (tento certifikát je zároveň dokladom o absolvovaní seminára v prípade prerušenia štúdia a opätovného nastúpenia na pokračovanie v štúdiu v ďalších rokoch, tzn. že je možné štúdium prerušiť a nastúpiť znovu v ďalšom období).
Po úspešnom absolvovaní všetkých seminárov má študent právo obhájiť svoju záverečnú prácu pred komisiou zloženou z členov Prezídia, jednotlivých prednášajúcich prípadne externých pedagógov. Obhajoba záverečnej práce prebieha až po ukončení všetkých seminárov. Termín obhajoby je stanovený po dohode so študentmi.
Odovzdávanie diplomu s právom používať titul Master of Business Administration (MBA) je záverečným ceremoniálom a zavŕšením celého štúdia.